В соответствии с п. 2 ст. 169 Налогового кодекса (НК РФ) счета-фактуры, составленные с нарушением порядка, установленного п. п. 5 и 6 данной статьи, не могут являться основанием для принятия соответствующих сумм НДС к вычету. Налоговый кодекс четко описывает данные, которые должны содержаться в счет-фактуре. К ним относится и порядковый номер счета-фактуры

Таким образом, нарушения порядка составления счета-фактуры служит основанием для отказа в вычете.

Самый простой выход из такой ситуации получить правильно оформленную счет-фактуру. С одной стороны, Налоговый кодекс не запрещает вносить изменения и дополнения в счета-фактуры, но, в то же время, не дает однозначного ответа на вопрос: до какого момента можно вносить изменения и в какой форме?

Налоговые органы, ссылаясь на ст. 81 НК РФ, часто занимают позицию, что налогоплательщик может представить их лишь до момента вынесения решения о назначении выездной налоговой проверки. Об этом же гласит Постановление ФАС Северо-Западного округа от 29.09.2004 N А13-7918/04-14. Если следовать этой позиции, внести изменения в счета-фактуры в процессе проведения выездной проверки действительно нельзя.

Тем не менее, не все так однозначно. Ст. 81 Налогового кодекса определяет порядок внесения изменений в налоговую декларацию, но только если вносимые в счет-фактуру изменения не затрагивают сумму исчисленного налога, а носят чисто технический характер. Исходя из этого можно предположить возможность представления исправленных счетов-фактур, оформленных надлежащим образом, до вынесения решения по результатам выездной налоговой проверки. Такую же позицию занимают суды. Например, ФАС Западно-Сибирского округа в Постановлении от 22.11.2006 г. указывает на то, что налогоплательщику не может быть отказано в вычете НДС на основании того, что в счетах-фактурах не указан порядковый номер, так как НК РФ не лишает налогоплательщика права на применение налоговых вычетов и возмещение НДС после устранения нарушений, допущенных поставщиками при составлении и выставлении НДС счетов-фактур на приобретенные покупателем товары(работы, услуги), а из материалов дела следует, что налогоплательщик представил в ходе камеральной проверки восстановленные счета-фактуры